Sau khi trở lại từ xứ sở thần tiên, Alice Kingsleigh đã dành thời gian theo nghiệp cha mình và du ngoạn trên biển. Khi trở về London, cô tình cờ tìm được một chiếc gương kỳ diệu, đưa cô trở lại với xứ sở thần tiên Underland, và gặp lại những người bạn của mình: Thỏ Trắng, Absolem, Cheshire Cat và Mad Hatter. Tuy nhiên, cô nhận ra Mad Hatter đã mất đi bản tính vui vẻ của mình. White Queen Mirana đã giao cho Alice nhiệm vụ đến mượn quả cầu Chronosphere từ Time để điều khiển được thời gian. Khi trở lại quá khứ, Alice đã gặp lại nhiều người bạn cũng như kẻ thù ở nhiều thời điểm khác nhau, và bắt đầu chạy đua với thời gian để cứu Mad Hatter.
