Đây là giai đoạn tiếp theo của Dự án mà Chính phủ hai nước đã ký kết năm 2000 với mục đích hỗ trợ Việt Nam đào tạo đội ngũ cán bộ khoa học kỹ thuật kế cận có trình độ cao phục vụ cho công cuộc phát triển kinh tế xã hội, đồng thời góp phần tăng cường mối quan hệ hữu nghị và hợp tác giữa hai nước.
Với giá trị 144 triệu yên Nhật trong năm tài khoá 2005-2006, năm 2005, chương trình sẽ cấp 35 suất học bổng toàn phần đào tạo sau ĐH tại các trường ĐH Nhật Bản. Chính phủ Nhật Bản cũng cam kết sẽ tiếp tục viện trợ 486 triệu yên Nhật trong các năm tiếp theo cho đến 2009.
Học bổng JDS là học bổng toàn phần đảm bảo cho các lưu học sinh có thể hoàn toàn yên tâm về mặt tài chính trong quá trình lưu học tại Nhật Bản. Hàng năm, vào tháng 8, thông tin về cách thức đăng ký xin học bổng được công bố rộng rãi trên báo. Tất các các công dân Việt Nam thuộc mọi thành phần kinh tế đều có thể tham dự thi tuyển lấy học bổng.
Các lưu học sinh nhận học bổng của Dự án đều được tuyển chọn kỹ càng về tài năng và đạo đức, được đào tạo tiếng Nhật chu đáo trước khi lên đường sang Nhật Bản, được tư vấn đầy đủ trong quá trình học tập tại Nhật Bản.
Theo Tuổi Trẻ, kể từ năm 2000 đến nay, chính phủ Nhật Bản đã tài trợ cho Việt Nam đào tạo 140 thạc sĩ tại Nhật Bản với tổng kinh phí khoảng 1,5 tỷ yên. Đã có 50 lưu học học sinh khoá đầu trở về nước làm việc.
