Thủ môn Filip Nguyễn thông báo tin vui đón con thứ hai trên trang cá nhân. Em bé được vợ chồng anh đặt tên là Mia. Trước đó, hai người có một cậu con trai, sinh năm 2020.
Filip Nguyễn quen Aneta năm 2016 khi cả hai còn ở CH Czech. Aneta cũng là Việt kiều, có bố là người Hải Phòng. Hai người đính hôn tháng 12/2019 và tổ chức đám cưới hồi tháng 8/2021 sau khi con trai đầu lòng được một tuổi.
Filip Nguyễn trở về Việt Nam khoác áo CAHN hồi tháng 6/2023. Một tháng sau, anh đón vợ con sang Việt Nam sống. Thời gian đầu, Aneta thường xuyên đến sân để cổ vũ cho Filip Nguyễn nhưng từ khi mang bầu, cô hiếm khi xuất hiện.
Ở mùa giải 2023, Filip Nguyễn góp công lớn giúp CAHN vô địch V-League. Tuy nhiên, sang mùa 2023-2024, CAHN chỉ đứng hạng 6 với 37 điểm, kém đội vô địch Nam Định 16 điểm. Mùa này, CAHN hiện đứng thứ 8 trên bảng xếp hạng với 5 điểm sau 4 vòng đấu.
Filip Nguyễn được cấp Quốc tịch Việt Nam hồi tháng 12/2023. Hiện tại, thủ thành sinh năm 1992 đã ra sân thi đấu 9 trận cho tuyển Việt Nam nhưng chưa một lần được hưởng niềm vui chiến thắng. Trong 9 trận Filip Nguyễn bắt chính, tuyển Việt Nam để thua 8 trận, chỉ có một trận hòa 1-1 trước Ấn Độ và để thủng lưới 20 bàn.