Sau hơn 6 tháng, kể từ trận hòa 1-1 với Philippines ở vòng bảng ASEAN Cup 2024 hồi tháng 12/2024, Filip Nguyễn mới được bắt chính cho tuyển Việt Nam. Trước chủ nhà Malaysia với đội hình xuất phát gồm 9 cầu thủ nhập tịch, tuyển Việt Nam gặp rất nhiều khó khăn khi liên tục phải gồng mình chống đỡ những đợt tấn công của đối thủ. Trong hiệp một, thủ thành Filip Nguyễn có nhiều tình huống cản phá xuất thần những cú dứt điểm trong tư thế đối mặt của cầu thủ Malaysia giúp Việt Nam giữ sạch lưới.
Tuy nhiên, hàng thủ của tuyển Việt Nam không thể đứng vững trước sức ép của Malaysia ở hiệp hai. Filip Nguyễn dù vẫn có những pha cứu thua xuất sắc, phải vào lưới nhặt bóng tới 4 lần ở các phút 49, 59, 67 và 88. Chung cuộc, tuyển Việt Nam nhận thất bại 0-4 trước đối thủ.
Đây là trận thua đậm nhất của tuyển Việt Nam trong lịch sử đối đầu với Malaysia. Trước đó, thất bại nặng nề nhất của "Những chiến binh sao vàng" trước Malaysia là trận thua với tỷ số 0-3 ở AFF Cup 2000.
Kết quả trên kéo dài mạch trận đen đủi của Filip Nguyễn trong màu áo tuyển Việt Nam. Sau 12 trận đấu, anh mới chỉ một lần được hưởng niềm vui chiến thắng cùng đội tuyển quốc gia, với tỷ số 1-0 trước Indonesia ở vòng bảng ASEAN Cup 2024. Còn lại, anh phải 9 lần nếm trải thất bại bên cạnh trận hòa 1-1 với Philippines.

Filip Nguyễn lần thứ 10 nếm trải thất bại sau 12 trận ra sân cho tuyển Việt Nam. Ảnh: Hai Tư
Trận thua này khiến tuyển Việt Nam mất ngôi đầu bảng vào chính tay đối thủ. Malaysia với 6 điểm và hiệu số +6 đang chiếm ưu thế rất lớn trước Việt Nam mới có ba điểm và hiệu số +1. Hai đội vẫn còn một trận tái đấu tại Việt Nam vào tháng 3/2026 nhưng cơ hội để đoàn quân của HLV Kim Sang-sik đoạt vé dự vòng chung kết Asian Cup 2027 là rất thấp bởi chỉ có đội đầu bảng mới giành quyền đi tiếp.