Theo theo tài liệu điều tra của cơ quan điều tra, ông Thông đã lợi dụng danh nghĩa là hiệu trưởng của trường THPT dân lập Nguyễn Công Trứ để vay số tiền hơn 1,1 tỷ đồng của Công ty TNHH Lâm Hà với mục đích vay là xây dựng cơ sở hạ tầng của nhà trường.
Tuy nhiên, ông Thông chi dùng vào việc chung thì ít mà chi tiêu cá nhân thì nhiều. Trong số tiền vay trên, ông Thông đã bớt hơn 700 triệu đồng bỏ túi riêng. Bên chủ nợ đòi không được nên đại diện là ông Dương Văn Quân, Giám đốc Công ty TNHH Lâm Hà, đã khởi kiện Trường THPT dân lập Nguyễn Công Trứ ra toà án.
Vụ kiện tranh chấp được đưa ra phân xử vào năm 2006. Tại phiên toà, ông Thông vẫn một mực cho rằng với tư cách hiệu trường, ông đứng ra vay số tiền trên để sử dụng vào mục đích xây dựng cơ sở vật chất của nhà trường.
Chỉ đến khi công an "nhảy" vào, ông Thông mới chịu thừa nhận sau khi vay được tiền của Công ty TNHH Lâm Hà đã không nhập vào sổ sách kế toán của Nhà trường mà sử dụng vào mục đích cá nhân số tiền 730 triệu đồng.
Lấy lý do trả nợ, mua xe, nhưng khi bán xe thì số tiền đó lại "chui" vào túi riêng của ông. Đến khi bị thanh tra, kiểm tra nhiều, ông Thông mới nộp số tiền trên vào quỹ của Nhà trường nhưng trên cơ sở giấy tờ, sổ sách, còn thực tế ông đã đối trừ nợ cho khoản nợ của ông Đặng Văn Hiền, người đã xây dựng khu nhà làm việc của nhà trường.
Ngoài ra, ông Thông còn có dấu hiệu sai phạm trong việc thu tiền chống trượt của học sinh lớp 12, thu tiền học thêm của học sinh.
Khánh Ngọc