Hôm 22/6, chủ nhà Malaysia gây sốc khi gửi công văn thông báo luật bốc thăm chia bảng môn bóng đá tại SEA Games 29. Theo đó, 11 đội bóng đá nam chia làm hai bảng A và B. Hai hạt giống mặc định ở hai bảng là Thái Lan và Myanmar, hai đội giành HC vàng HC bạc ở SEA Games 28. Sau lượt bốc thăm đội thứ 4 ở mỗi bảng, Malaysia có quyền được tự chọn bảng đấu. Hai đội còn lại không cần bốc thăm mà phải dồn vào bảng đấu không được đội chủ nhà chọn.
Luật chơi "oái oăm" của Malaysia vấp phải sự phản đối từ của nhiều nước trong khu vực trong đó có Việt Nam. Hôm 1/7, trong cuộc họp lần thứ 11 của Hội đồng các liên đoàn bóng đá Đông Nam Á (AFF) nhiệm kỳ 2015-2019 diễn ra tại Nha Trang, AFF khẳng định kiến nghị lên Liên đoàn bóng đá châu Á (AFC) về vấn đề này.
Sau buổi làm việc giữa AFC, LĐBĐ Malaysia, Ủy ban Olympic Malaysia và ban tổ chức SEA Games 29, chủ nhà Malaysia quyết định rút lại quyền tự chọn bảng đấu ở môn bóng đá và futsal.
Quy định bốc thăm bóng đá SEA Games 29 được áp dụng như ở SEA Games 28 tại Singapore. Đội vô địch SEA Games 28 Thái Lan và chủ nhà Malaysia được phân về hai bảng đấu. Á quân Myanmar và đội đoạt HC đồng Việt Nam là một cặp bốc thăm, được chia về hai bảng đấu. Các đội còn lại cũng được chia cặp, phân bảng theo thứ bậc tương tự.