Sau khi bị Toà án thành phố Hồ Chí Minh tuyên phạt Lâm Bích Thuỷ (là thủ quỹ, được xác định là người thuê bọn côn đồ, với mức án tử hình), Lâm Thanh Phong (em ruột Thuỷ) tù chung thân, cả hai đã làm đơn xin giảm hình phạt. Điều ngạc nhiên là cả Cơ quan điều tra và toà án sơ thẩm đều bỏ qua nhiều tình tiết liên quan đến trách nhiệm của cựu Giám đốc Nguyễn Quốc Thắng.
Tại phiên tòa sơ thẩm diễn ra từ ngày 30 đến 31/12/2004, hầu hết các bị cáo tham gia giết người đều khai báo khá thành khẩn. Đi sâu vào thẩm vấn, hội đồng xét xử chất vấn nguyên Giám đốc Nguyễn Quốc Thắng: "Hồ sơ vụ án thể hiện khi anh đang ngồi nhậu với Thắng tại Thủ Đức thì có cuộc điện thoại gọi cho Thắng về cơ quan, và sau đó đã bị chém chết. Anh có biết ai gọi không?". Nguyễn Quốc Thắng: "Dạ tôi không rõ" (thái độ ông Thắng có vẻ lúng túng).
Hội đồng xét xử cũng xác định còn nhiều tình tiết chưa được làm sáng tỏ, như: Điện thoại di động Thắng bị nước, không truy tìm được cuộc gọi cuối, có lẽ do không còn thời gian điều tra.
Tham gia thẩm vấn, Viện Kiểm sát cũng làm ông Nguyễn Quốc Thắng lúng túng khi chất vấn: "Với vai trò là thủ trưởng đơn vị, vậy mà khi nội bộ mất đoàn kết, anh ngồi ăn nhậu với một số cán bộ chủ chốt, nghe có ý kiến cho rằng cần phải đánh dằn mặt người tố cáo (Đặng Vũ Thắng), anh lại nói rằng từ từ thôi là sao?". Nguyễn Quốc Thắng ấp úng cho rằng: "Không nhớ nói vào lúc nào".
Theo Lao Động, tại hồ sơ vụ án, trong một bản đối chất, Nguyễn Quốc Thắng thừa nhận, có nghe Thuỷ nói sẽ tổ chức đánh dằn mặt Đặng Vũ Thắng và có phát biểu "từ từ". Nhưng chỉ vài ngày sau, nạn nhân đã bị chém chết. Đây cũng chính là lời khai của Lâm Bích Thuỷ tại toà.
Hội đồng xét xử cũng xác định đây là vụ án mang tính chất đặc biệt nghiêm trọng cần xét xử không để lọt người, lọt tội và có hình phạt nghiêm khắc mới có tác dụng ngăn ngừa, phòng chống tội phạm.
