"Tôi bị chấn thương ở trận đấu với CLB Thanh Hóa. Sau trận đấu, vết thương khá nặng và tôi phải trải qua một đợt nghỉ khá dài. Tuy nhiên hiện tôi cũng bắt đầu tập lại với đội. Hy vọng tôi có thể trở lại thi đấu trong thời gian tới", Hùng Dũng trả lời truyền thông sau trận đấu giữa Hà Nội FC và Quảng Nam ở vòng 13 V-League 2023-2024 tối 8/3.
Sau Asian Cup 2023, Đỗ Hùng Dũng trở về CLB với trạng thái sung sức. Tiền vệ 30 tuổi đá chính và thi đấu trọn vẹn 90 phút trận ra mắt của tân HLV Daiki Iwamasa gặp Thanh Hóa ở vòng 9 V-League . Tuy nhiên, kể từ sau đó, anh trải qua 4 trận liên tiếp không có tên trong danh sách đăng ký của đội bóng thủ đô.
Sau chiến thắng trước Khánh Hòa ở vòng 13 V-League hôm 3/3, khi được hỏi về sự vắng mặt của Hùng Dũng, HLV Iwamasa cho biết: "Tôi đánh giá cầu thủ dựa trên phong độ thực tế. Tôi không quan tâm đó là ngoại binh, nội binh hay là tuyển thủ quốc gia. Trường hợp của Đỗ Hùng Dũng cũng vậy. Tôi không quan tâm tên tuổi hay mác ngôi sao đội tuyển mà đánh giá thực tế. Khi nào cậu ấy sẵn sàng thì cậu ấy sẽ trở lại". Phát biểu của nhà người cầm quân người Nhật làm dấy lên tin đồn anh bị kỷ luật nội bộ ở CLB.
Hùng Dũng bị chấn thương ở lòng bàn chân. Tiền vệ sinh năm 1993 hy vọng trở lại thi đấu khi Hà Nội FC gặp Hà Tĩnh ở Cúp Quốc gia vào ngày 12/3. "Hy vọng tôi có thể ra sân ở trận đấu tại Cúp Quốc gia sắp tới. Tuy nhiên, tình hình cụ thể có lẽ phải 1-2 ngày tới mới biết được", Hùng Dũng nói.
Với việc chưa hoàn toàn bình phục chấn thương, khả năng Hùng Dũng được triệu tập lên đội tuyển quốc gia chuẩn bị cho hai trận gặp Indonesia ở vòng loại World Cup 2026 còn bỏ ngỏ.