Một người bán nước gần chùa cho biết: "Lâu lâu tôi thấy một người đàn ông ốm yếu bị tật ở chân ra mua thức ăn. Nhưng đến khi bị bắt, mới biết đó là đệ tử của Năm Cam. Còn chùa Diệu Pháp của các ni sư làm từ thiện nuôi người già tàn tật mấy chục năm nay, lúc nào cũng có người đến ở, nên đâu có ngờ y lại chui vào đây để ẩn nấp".
Sư bà Diệu Thanh trụ trì chùa đã 72 tuổi, đi lại khó khăn, buồn rầu nói: "Thật khó lường kẻ ác. Tôi còn nhớ lúc trước Tết năm rồi, ông ta đến chùa trong bộ dạng ốm yếu, chân đi cà nhắc xưng tên là Nguyễn Văn Nạn, nhà ở miền Tây, bị vợ con ruồng bỏ nên xin tá túc tạm thời trong nhà tình thương của chùa ít hôm. Nhà chùa cũng nuôi hàng trăm trẻ mồ côi và người già tàn tật nên thấy tình cảnh của ông ta, tôi động lòng cho ở lại, ai ngờ...".
Được sư bà chấp thuận, Thọ "Đại Úy" tá túc trong ngôi nhà dành cho người già và trẻ mồ côi phía sau chùa. Thời gian ở đây Thọ tỏ ra khá hiền lành, chơi với đám trẻ mồ côi, mỗi chiều đều lên chùa thắp hương và tụng kinh. Để khỏi phiền nhà chùa, "ông Nạn" xin được tự lo chuyện thức ăn. Thọ nhờ đám trẻ mồ côi mua thức ăn, chỉ xin cơm của chùa. Lâu lâu y mới mượn xe của chùa đi mua đồ ăn.
Sư bà Diệu Thanh giao việc quản lý nhà tình thương cho Sư cô Huệ Đức. Sau khi xem tấm hình Thọ "Đại Úy" đăng trên báo sư cô nói với phóng viên Tiền Phong: "Ông Nạn trông già mà ốm hơn tấm hình này nhiều lắm. Chúng tôi đã bị ông ta lừa bởi gương mặt và và hoàn cảnh khá thương tâm. Tôi đã nhiều lần yêu cầu ông Nạn đi đăng ký tạm trú. Mỗi lần như vậy ông ta xin phép chùa đi vài ngày để làm giấy tờ , rồi đợi khi tôi lên Lâm Đồng lầm rẫy ông ta lại về ở. Mỗi khi gặp tôi ông lại lảng đi chỗ khác. Nhà chùa có mấy chị em lo cho 146 người già và trẻ em nên ông ta lẩn vào, lẩn ra chúng tôi không để ý. Đến khi ông ta bị bắt nhà chùa mới tá hoả".
Ngày 12/12/2001, trùm Năm Cam bị bắt, những tên đàn em khác cũng lần lượt nối nhau vào tù, Thọ “Đại Úy” lặn không sủi tăm "cõng" trên lưng hai lệnh truy nã của Phòng cảnh hình sự công an TP HCM về tội tổ chức đánh bạc và giết người.
17h chiều ngày 27/3/2002, trinh sát phát hiện và bám theo khi vợ Thọ là Lê Thị Điệu và con gái là Trà My đón xe buýt đi về hướng Tây Ninh. 21h tối, hai mẹ con thị Điệu xuống xe tại thị trấn Củ Chi. Chỉ sau 5 phút, hai người đi hai xe máy đến đón hai mẹ con Điệu về nhà bà Lê Thị Khắc (chị bà con của Lê Thị Điệu) ở An Quới, An Hòa, Trảng Bàng, Tây Ninh.
Các trinh sát quyết tâm bám theo, dù lúc đó trời mưa tầm tã và tối đen như mực. Lúc này, Nguyễn Văn Thọ đang ở trong nhà bà Khắc. Thấy nhiều ánh đèn xe khác nên Thọ sinh nghi, tức tốc rời ngay khỏi nhà. Do đó, khi đến nơi, trinh sát chỉ bắt gặp gia đình bà Khắc và mẹ con Lê Thị Điệu.
Thực chất Thọ đã được đưa sang nhà ông Nguyễn Minh Quế, sinh năm 1952 ngụ ở tổ 12 ấp Bùng Binh, Đôn Thuận, Trảng Bàng, Tây Ninh. Vợ ông Quế - bà Lê Thị Thơm trước đây, cùng sinh sống ở quận 4, cạnh nhà Bảy Si (tức Nguyễn Văn Si, anh rể Năm Cam, cha ruột của Thọ). Khoảng 1992, Thơm theo chồng lên Tây Ninh sinh sống bằng nghề trồng cao su nhưng cuộc sống luôn thiếu trước hụt sau nên thường được Thọ nhiều lần cho tiền. Vì ơn nghĩa, gia đình Quế - Thơm đã che dấu, cưu mang Thọ.
Đêm hôm đó, Quế, Thọ còn mua hai lít rượu về nhậu với nhau cho đến sáng. Ngay sáng hôm sau, Thọ yêu cầu Quế thuê một xe 15 chỗ để “đi viếng chùa” ở Núi Sam, Châu Đốc, An Giang. Thọ “Đại Úy” dặn Quế cứ việc đi chùa, còn mình thì phải “đi kiếm người quen”, hẹn gặp lại nhau lúc 17h chiều. Thọ còn nhắc Quế “cứ về Sài Gòn trước, nếu 17h chưa thấy tôi quay lại”.
Rời khỏi cha con Quế, Thọ đến nhà Huỳnh Ngọc Mai tại thôn Châu Long 6 thị xã Châu Đốc. Nhà bà Mai có tiệm tạp hóa khá lớn. Trước đây, khi còn "hưng thịnh", gia đình Năm Cam thường hay đi viếng chùa Bà núi Sam, nhiều lần ghé vào mua khô cá lóc tại tiệm bà Mai nên quen biết. Bà Mai điện thoại cho ông bồ là Huỳnh Văn Đức ở tổ 6, ấp An Hòa, xã Ba Chúc, huyện Tri Tôn, An Giang. Đức cũng từng quen biết Thọ qua Mai nên đến ngay để chở Thọ về nhà mình nhậu, không dám tố giác. Sáng hôm sau, Thọ thuê một xe ô tô một mình quay trở lại Sài Gòn. Đến trước bệnh viện Chợ Rẫy, Thọ xuống xe và đi lang thang suốt đêm tại công viên Âu Lạc, quận 5.
Đến ngày 3/6, Năm Cam, Nguyễn Hữu Thịnh (con trai Thọ) bị thi hành án tử hình. Đoán rằng, Thọ "Đại Úy" sẽ cải trang, trà trộn vào trường bắn hoặc đám tang để nhìn mặt con lần cuối, công an quyết định cử người bám sát gia đình người thân của Thọ suốt ngày đêm.
Hai hôm sau ngày án tử hình được thực hiện, gia đình Năm Cam, Nguyễn Hữu Thịnh đã nhận xác người thân về tổ chức hỏa thiêu mà bóng dáng Thọ vẫn không thấy đâu. Có điều lạ là hai chiếc xe tang chở thi hài Năm Cam và Thịnh thay vì chạy thẳng lên nhà hỏa táng Bình Hưng Hòa thì lại nối đuôi nhau chạy về hướng Đồng Nai.
Xe chở quan tài Năm Cam dừng lại tại ngã ba Dầu Giây, trong khi xe chở quan tài Thịnh thì lùi lại cách đó chừng 1 cây số. Như vậy rất có thể Thọ “đại úy” đang lẩn trốn đâu đó quanh khu vực ngã ba Dầu Giây, huyện Thống Nhất, Đồng Nai. Hai chiếc xe tang chạy lên hướng này chắc chắn không ngoài mục đích để Thọ có thể được nhìn mặt người thân lần cuối. Tuy nhiên, dù bám rất kỹ, các trinh sát vẫn không phát hiện dấu hiệu xuất hiện của Thọ cạnh hai chiếc xe tang. Trong khi đó, khu vực khả nghi địa hình nhiều đồi rẫy, nên không biết chính xác Thọ lẩn trốn ở đâu. Do đó toàn bộ các địa phương mà tên Thọ có thể lẩn trốn gồm các xã Đông Hòa, Trung Hòa, Tây Hòa huyện Trảng Bom và Phước An, Phước Tân, huyện Long Thành, Đồng Nai đều được rà soát đồng loạt .
Bên cạnh đó, một lần nữa, những mối quan hệ cũ của tên Thọ lại được rà soát lại. Ngày 1/8, Ban chuyên án phát hiện ra Võ Thị Mai (thường gọi là Tuyết) sinh năm 1960, ngụ 49/33 A có nhiều biểu hiện nghi vấn. Mai là phụ nữ đã ly dị chồng, có hai con thì thằng con trai lớn đang thụ án 4 năm tù tại trại Chí Hòa vì tội cướp giật. Trước 1995, Mai bán quán nhậu trước sân khấu ca nhạc Trống Đồng (đường Cách Mạng Tháng Tám, quận 1) nên quen và nhanh chóng trở thành bồ nhí của Thọ. Thời gian gần đây, Mai thường một mình đi Đồng Nai “thăm bà con” một cách đáng ngờ. Khi đi, Mai luôn mua và mang theo hàng xấp… báo cũ.
5h30 sáng 15/8, Mai rời khỏi nhà và đi về hướng Đồng Nai. Các trinh sát lập tức bám theo. Các phương án đón lỏng cũng lập tức được giăng lên. Chạy đến ngã ba đất đỏ gần Trường Cơ giới 3 xa lộ Hà Nội (thuộc địa phận ấp Thanh Hòa, xã Hố Nai 3, huyện Trảng Bom, Đồng Nai) Mai dừng lại ngay trước quán cà phê Mai Linh. Chừng 5 phút sau, một người đàn ông xuất hiện, trao đổi vài câu và trèo lên xe cho Mai chở đi về hướng rừng cao su.
Các trinh sát PC 14 trên 8 xe gắn máy đã lao tới chụp lấy cổ đối tượng. Chỉ vùng vẫy một lát, Thọ “Đại Úy” đành chấp nhận tra tay vào còng, trong khi Mai thì cố hô hoán để tìm cách giải thoát cho Thọ chạy.
Thọ "Đại Úy" sinh năm 1958 là con của bà Trương Thị Sẩm (chị ruột trùm tội phạm Năm Cam). Từ mối quan hệ này, trước 1995, Thọ và vợ Lê Thị Điệu đã được Năm Cam "cất nhắc" cho giữ quyền "thu thuế" và cầm đồ, cho vay nặng lãi tại một số sòng bài của Năm Cam tại khu vực đường Lê Lai, quận 1.
Sáng 27/2/2000, khi nghe tin con ruột là Nguyễn Hữu Thịnh bị đánh tại đường Hải Triều, Thọ đã cầm đầu một nhóm đàn em gồm hơn 10 tên xách dao, mã tấu đến hiện trường. tại đây, Thọ đã chỉ huy đám đệ tử này trả thù dẫn đến cái chết thương tâm của anh Phan Lê Sơn và Hồ Phước Hưng.
Sau khi vụ án xảy ra, Thọ đã đạo diễn cho con ruột y - Nguyễn Hữu Thịnh ra đầu thú và đưa tên Bùi Anh Việt trốn sang Campuchia sau đó trở về đầu thú để đánh lừa cơ quan công an, đổ hết tội cho Bảy Việt.