Hôm 14/9, Yokohama thông báo đã đạt thỏa thuận chấm dứt hợp đồng trước thời hạn với Công Phượng. Đội bóng Nhật Bản không phải trả bất cứ khoản đền bù nào cho tiền đạo người Nghệ An dù hợp đồng còn thời hạn đến tháng 1/2026. Yokohama là đội bóng nước ngoài thứ 4 Công Phượng khoác áo và đây tiếp tục là một thất bại với chân sút sinh năm 1995.
Công Phượng gia nhập Yokohama cuối năm 2022. Chân sút xứ Nghệ đặt rất nhiều kỳ vọng vào quyết định này bởi đây có thể là lần cuối cùng anh xuất ngoại thi đấu. Công Phượng mang theo cả vợ con sang Nhật. Tại Yokohama, Công Phượng được tập luyện, sinh hoạt trong môi trường bóng đá hiện đại hàng đầu châu Á. Tiền đạo 29 tuổi nhận lương khoảng 5 tỷ đồng mỗi năm, thuộc hạng cao so với các đồng nghiệp V-League.
Tuy nhiên, Công Phượng được cho là mất nhiều hơn được trong hai năm khoác áo Yokohama. Ở mùa đầu tiên, anh chỉ một lần được thi đấu cho Yokohama khi vào sân ở phút bù giờ hiệp hai trận thua Nagoya Grampus 2-3 tại J-League Cup. Công Phượng không được đăng kí bất cứ trận nào tại J-League 1 và Cup Hoàng đế Nhật Bản. Vì điều này, anh không được HLV Philippe Troussier triệu tập tham dự Asian Cup 2023.
Mùa này, Yokohama xuống hạng J-League 2 nhưng Công Phượng tiếp tục đóng vai "người thừa" của đội bóng. Anh chỉ được chơi hai trận tại J-League Levain Cup. Hồi tháng 4, Công Phượng thi đấu 68 phút ở trận thắng Fagiano Okayama tại vòng 2. Đến vòng 3 vào tháng 5, anh được HLV Shuhei Yomoda tung vào sân ở phút 41, thay thế Mizuki Arai nhưng nhanh chóng bị rút ra ở phút 57 vì chấn thương.
Việc ít được ra sân thi đấu tại Nhật Bản khiến Công Phượng đánh mất phong độ và thể lực. Anh không được HLV Kim Sang-sik triệu tập lên tuyển Việt Nam trong các đợt tập trung gần đây. Lần gần nhất chân sút người Nghệ An thi đấu cho đội tuyển ở trận giao hữu gặp Jordan hồi tháng 11/2023. Anh là người ghi bàn mở tỷ số ở phút 61, góp phần giúp tuyển Việt Nam thắng 2-0 nhưng sau trận vẫn bị HLV Troussier chê "thi đấu thiếu nhiệt huyết".
Chia tay Yokohama, Công Phượng nhiều khả năng sẽ về nước thi đấu. Tuy nhiên, V-League đã khóa sổ chuyển nhượng cầu thủ nội nên thời điểm này khó có đội bóng nào sẵn sàng chiêu mộ cựu chân sút HAGL. Lựa chọn khả dĩ nhất của Công Phượng bây giờ là giải hạng Nhất quốc gia khi ngày 11/10 mới là hạn chót đăng ký danh sách. Hiện tại, có thông tin cho rằng Công Phượng tiến gần tới việc gia nhập Thanh niên TP HCM, đội bóng gần đây đã chiêu mộ thủ môn Đặng Văn Lâm.