Aguero kết hôn với Giannina Maradona - con gái út huyền thoại Diego Maradona - năm 2008 khi mới 20 tuổi, sau khi được chính bố vợ mai mối. Một năm sau, đôi trẻ đón con trai đầu lòng Benjamin và sự nghiệp ở Atletico Madrid của chân sút Argentina cũng thăng hoa.
Tuy nhiên, cuộc hôn nhân của Aguero đổ vỡ năm 2012, xuất phát từ những cãi vã liên quan tới lối sống tiệc tùng của Giannina. "Aguero không xứng với em. Anh ta ngu ngốc và là một kẻ đần độn", một fan từng bình luận khi Giannina xác nhận chuyện chia tay "sau một năm khó khăn với nhiều đổi thay". Tuy nhiên, con gái cựu danh thủ Argentina bênh vực chồng cũ, đáp lại: "Đừng nói thế, anh ấy là bố con trai tôi và không như những gì anh nói. Khi hai vợ chồng kết thúc mối quan hệ, cả hai đều có lỗi".
Nhưng Maradona thì khác, ông thù ghét con rể cũ ra mặt. Khi nói về Aguero, cựu HLV tuyển Argentina miệt thị: "Đó là một kẻ hèn nhát mà tôi thậm chí không muốn gọi tên". Huyền thoại một thời bôi đen ảnh Aguero bế bé Benjamin trong bức ảnh gia đình.
Sau khi chia tay Giannina, Aguero có mối tình sâu đậm với nữ ca sĩ đồng hương Karina Tejeda. Cuộc tình kéo dài 5 năm rồi đổ vỡ. Cuối năm 2019, tiền đạo 33 tuổi công khai hẹn hò người mẫu kém 8 tuổi Sofia Calzetti. Sau 10 năm gắn bó với Man City, Aguero chuyển sang Barca hè qua. Hôm 30/10, anh phải nhập viện kiểm tra tim mạch sau khi cảm thấy khó thở trong trận đấu với Alaves. Aguero phải nghỉ ba tháng để điều trị rối loạn nhịp tim.