Theo kết quả điều tra, từ năm 2000 đến 2002, Trần Văn Sở cùng vợ là Nguyễn Thị Thoa nhờ nhiều người đứng tên thành lập 34 doanh nghiệp tại Thái Bình, Hải Phòng, Quảng Ninh, Yên Bái, Bắc Ninh. Mục đích là mua bán hoá đơn giá trị gia tăng, lập hồ sơ chiếm đoạt tiền hoàn thuế của Nhà nước. Các doanh nghiệp này đã bán ra hơn 19.000 hóa đơn cho trên 700 đơn vị ở 22 địa phương khác nhau, tổng số tiền ghi khống khoảng 1.130 tỷ đồng
Theo Tuổi Trẻ, cơ quan điều tra Công an Thái Bình đã khởi tố vợ chồng Sở - Thoa cùng 22 người khác về các tội đưa hối lộ, nhận hối lộ; lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ; thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng và trốn thuế... Trong số này, có nhiều đối tượng là cán bộ thuộc Cục Thuế, Sở Kế hoạch - đầu tư tỉnh Thái Bình.