Lật lại hồ sơ các dự án do PMU18 làm chủ đầu tư, cơ quan chức năng đã phát hiện thêm hàng loạt các dự án do Tổng giám đốc Bùi Tiến Dũng đưa các doanh nghiệp “sân sau” vào thi công. Thậm chí, ông Dũng còn trực tiếp gây sức ép lên các nhà thầu chính.
Công ty Bắc Nam ngoài giám đốc Vũ Việt Dũng còn có tên của em trai và em vợ ông Bùi Tiến Dũng là Bùi Quốc Tiến và Trần Lê Duyên. Doanh nghiệp này không hề có chút năng lực, kinh nghiệm nào nhưng luôn được chỉ thầu. Trong việc thi công đường gom tuyến tránh Vĩnh Điện thuộc huyện Điện Bàn, Quảng Nam, công ty Bắc Nam đã được chỉ định thầu và được PMU18 "ưu ái" cho thi công tiếp phần bổ sung đường gom dọc hai bên tuyến tránh Vĩnh Điện.
Hạng mục tuyến đường Cầu Mống - Cống Đá và đường Vĩnh Điện thuộc tỉnh Quảng Nam được Bộ GTVT ra quyết định bổ sung vào dự án khôi phục cầu trên quốc lộ 1. Trong danh sách các nhà thầu phụ thi công hạng mục trên có tên các nhà thầu tư nhân: Công ty cổ phần Thái Bình Dương, Công ty Vạn Xuân; đặc biệt là các Công ty Hoa Việt của Nguyễn Mậu Thôn và Công ty cổ phần xây dựng công trình giao thông Bắc Nam. Nhà thầu chính của công trình là Tổng công ty xây dựng công trình giao thông 6- Bộ GTVT (Cienco 6).
Sau khi có quyết định của Bộ GTVT, Tổng giám đốc PMU 18 Bùi Tiến Dũng đã “bật đèn xanh” cho các doanh nghiệp tư nhân nói trên tự ứng vốn thi công. Về mặt nguyên tắc, khi thi công, nhà “thầu phụ” phải được sự đồng ý của nhà thầu chính thông qua bản “hợp đồng” ký kết giữ các bên. Vậy nhưng nhà thầu phụ đã khỏi cần nguyên tắc này mặc dù nhà thầu chính Cienco 6 kiên quyết không chịu ký hợp đồng.
Do sự "cứng đầu" này Cienco 6, ngày 12/4/2005, Tổng giám đốc PMU 18 Bùi Tiến Dũng đã có công văn (thực chất là một tối hậu thư dành cho Cienco 6) với nội dung: "Các nhà thầu đã tự bỏ vốn thi công và hoàn thành phần lớn khối lượng của các tuyến đường này, tuy nhiên đến nay nhà thầu chính vẫn chưa ký kết hợp đồng với nhà thầu phụ dẫn đến việc nghiệm thu, thanh quyết toán của các đơn vị này rất chậm trễ, khiến cho họ thiếu vốn làm cho tiến độ thi công công trình theo yêu cầu của Bộ GTVT. Làm ảnh hưởng tới quyền lợi và gây bức xúc cho các nhà thầu phụ khiến cho đến nay vẫn chưa ký kết hợp đồng này. Nếu không ký hợp đồng với thầu phụ thì “PMU18 sẽ báo cáo JBIC và làm các thủ tục cần thiết để chấm dứt hợp đồng với Cienco 6 và PMU 18 sẽ ký kết hợp đồng thực hiện các hạng mục thi công với các đơn vị trực tiếp thi công”.
Ngoài dự án trên, Hoa Việt và Bắc Nam còn được can thiệp bằng biện pháp tương tự để được tham gia thi công các hạng mục công trình đường tỉnh ĐT 623 và đường Hai Bà Trưng thuộc địa phận Quảng Ngãi. Tổng vốn dành cho việc thi công hai con đường này là 39,5 tỷ đồng, sử dụng nguồn vốn dư của JBIC còn thừa của dự án khôi phục cầu trên quốc lộ 1.
Hàng loạt các công văn ép buộc đã được PMU 18 thực hiện để Bắc Nam được chỉ định thầu hoặc ép các nhà thầu chính nhận làm nhà thầu phụ. Tình trạng này xảy ra tại hàng loạt gói thầu thuộc các dự án quốc lộ 10, quốc lộ 18, với trị giá hàng chục tỷ đồng.
Đến nay, ngoài 2 doanh nghiệp này, cơ quan điều tra C14 tiếp tục làm rõ các doanh nghiệp liên quan khác tương tự. Đó là các gói thầu số 1 thuộc dự án Quốc lộ 18 đoạn Nội Bài - Bắc Ninh, có giá trị 433 tỷ đồng.
Khánh Ngọc