Ông Bảy bị khởi tố, bắt giam vì hành vi "lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ". Sau lệnh bắt khẩn cấp, cơ quan an ninh điều tra cũng đã tiến hành khám xét khẩn cấp nhà riêng ông Bảy tại số 18 ngõ 161 phố Hoa Bằng, tổ 29 phường Yên Hoà, quận Cầu Giấy, Hà Nội. Thu nhiều tài liệu báo cáo thanh tra và nhiều giấy tờ khác.
Liên quan đến tiêu cực trong việc thanh tra các dự án dầu khí; dự án tuyến ống, kho, cảng LPG Thị Vải, trước đó Vụ phó Vụ 2 Lương Cao Khải và Vụ phó Vụ 4 Dương Văn Lực cũng đã bị khởi tố, bắt tạm giam vì hành vi tương tự. Trong quá trình thanh tra dự án này, đoàn thanh tra (gồm 7 người, trong đó có ông Bùi Xuân Bảy) đã phát hiện rất nhiều sai phạm nghiêm trọng nhưng các bên bị thanh tra lại được "giảm nhẹ" ở mức thấp nhất vì có dấu hiệu "đi đêm".
Kết luận của đoàn thanh tra Nhà nước về dự án "Tuyến ống kho cảng LPG Thị Vải" bị đánh giá là có dấu hiệu bất thường, giảm nhẹ nhiều so với dự thảo. Trong bản dự thảo, ngày 21/12/2002, đoàn thanh tra kiến nghị chuyển sang cơ quan điều tra để xử lý hình sự một số cá nhân. Đồng thời, đề nghị thu hồi về ngân sách nhà nước 135,7 tỷ đồng, xuất toán khỏi quyết toán chi phí đầu tư công trình một số khoản chi phí vượt dự toán được duyệt là 13,4 tỷ đồng.
Thế nhưng, kết luận của đoàn thanh tra do ông Trưởng đoàn Lương Cao Khải ký ngày 24/3/2003 chỉ đề nghị thu hồi cho ngân sách nhà nước 134,8 tỷ đồng và đề nghị xuất toán chỉ còn hơn 8,2 triệu đồng. Còn trong phần kết luận chính thức, các cá nhân bị đề nghị xử lý hình sự đã bị chuyển sang xử lý hành chính.
K. Ngọc