Quy hoạch sử dụng đất của dự án chia diện tích giới hạn giữa hai đê chính của sông Hồng thuộc địa phận Hà Nội thành ba khu vực chủ yếu.
Khu vực thứ nhất, là tuyến lòng sông ổn định là phần diện tích bảo đảm sự phù hợp với quy luật vận động tự nhiên của dòng sông, bảo đảm hoạt động các công trình đã có trên sông như cống Liên Mạc, Xuân Quan, cảng Hà Nội, các cầu qua sông, đường phân lưu sông Đuống, thỏa mãn yêu cầu vận tải thủy trên sông.
Khu vực thứ hai từ tuyến lòng sông ổn định đến chỉ giới hành lang thoát hai bên sông Hồng bao gồm bãi Tầm Xá, bãi giữa, bãi Long Biên bên tả ngạn, bãi Tứ Liên, Lĩnh Nam, Khuyến Lương bên hữu ngạn với tổng diện tích khoảng 3.000 ha. Đây là khu vực không ngập nước vào mùa cạn, nhưng ngập nước vào mùa lũ, có chức năng bảo đảm khả năng thoát lũ của sông nên quỹ đất chỉ khai thác có mức độ, chủ yếu là sản xuất nông nghiệp hoặc làm sân thể thao, khu vui chơi giải trí.
Khu vực thứ ba từ chỉ giới hành lang thoát lũ đến hai đê là quỹ đất có khả năng quy hoạch khai thác để sắp xếp lại dân cư và phục vụ cho các nhu cầu khác của thành phố.
Các khu vực dân cư đông đúc hiện nay bao gồm Phúc Tân Phúc Xá, An Dương, Chương Dương, Bạch Đằng sẽ được sắp xếp lại, di chuyển những hộ dân sống trong hành lang thoát lũ, chỉnh trang, cải tạo mặt đứng các trục phố ven sông.
Sử dụng quỹ đất các bãi Lĩnh Nam, Trần Phú, Tầm Xá để xây dựng các chung cư cao từ 15 đến 20 tầng với các căn hộ tiện nghi, hiện đại, cơ bản giải quyết chỗ ở cho người dân với diện tích từ 15-18 m2/người. Các chung cư sẽ dược xây dựng theo kiểu để rỗng tầng dưới để không cản trở việc thoát lũ khi cần thiết.
Theo Nhân Dân, để làm đẹp cảnh quan thành phố đồng thời tăng diện tích công viên, làm nơi nghỉ ngơi, thư giãn cho nhân dân thủ đô, dọc theo khu vực ven sông từ Yên Phụ đến Vân Đồn sẽ xây dựng các công viên, dải cây xanh, sân thể dục thể thao. Các cồn bãi giữa sông Hồng được cải tạo thành các công viên sinh thái.