Từ khi ông Arafat nhập Quân y viện Percy (Pháp), các bác sĩ đã nghi ngờ gan ông bị thương tổn nặng, ảnh hưởng đến máu. Sau khi xét nghiệm, các bác sĩ loại bỏ giả thuyết ông bị bệnh bạch cầu và kết luận ông bị hôn mê sâu chính là do bệnh xơ gan, từ đó dẫn đến xuất huyết não gây tử vong.
Thanh Niên cho biết, Chính phủ Pháp từ chối tiết lộ thông tin về nguyên nhân dẫn đến cái chết của ông Arafat vì cho rằng chỉ gia đình của ông Arafat mới có quyền được biết điều này.
