Phần lớn hành vi sai phạm nêu trong đơn tố cáo, các phó tổng giám đốc Mai Đình Hùng, Huỳnh Hồng Vũ, Đỗ Văn Nhân đều biết, thậm chí còn được tổng giám đốc giao trực tiếp chỉ đạo hoặc ký văn bản liên quan. Một số việc cụ thể đã có chỉ đạo của cơ quan chức năng, chủ tịch hội đồng quản trị và Chính phủ nhưng vẫn quy trách nhiệm với ông Hà Đức Bàng. 30 trong 34 vấn đề đơn nêu không đúng, không chính xác hoặc không có căn cứ.
Theo Thanh tra Chính phủ, trong những sai phạm tại Tổng công ty Hàng Hải, ông Hà Đức Bàng cũng có một số khuyết điểm và phải chịu trách nhiệm về 5 vấn đề. Cụ thể, với cương vị tổng giám đốc trong việc để các chỉ tiêu thị phần vận tải, bốc xếp trong nước và nộp ngân sách năm 2003-2004 giảm; ký quyết định chi thưởng và hỗ trợ tiền ăn trưa cho cán bộ công nhân viên chưa đúng nguồn và thẩm quyền; ký thanh toán trả đủ tiền kiểm toán cho Công ty TNHH Kiểm toán DTL trong khi công ty này chưa thực hiện đúng hợp đồng cam kết; việc xây dựng quy chế trả lương của Công ty Inlaco Sài Gòn chưa phù hợp hướng dẫn của Bộ Lao động - Thương binh xã hội; ký tiếp hợp đồng cho thuê tàu khi chưa thu hết công nợ, thiếu kiên quyết trong chỉ đạo các cán bộ dưới quyền có liên quan trong việc thu hồi nợ của Công ty Bao Yuan dẫn đến khoản nợ khó đòi trên 290.000 USD.
Theo nhận định của Thanh tra Chính phủ, tình trạng mất đoàn kết trong lãnh đạo Tổng công ty Hàng hải Việt Nam diễn ra và kéo dài nhiều năm. Thủ tướng đã chỉ đạo, nhưng tình hình nội bộ chưa ổn định, vẫn xuất hiện đơn tố cáo. Để sớm chấm dứt tình trạng trên, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng giao các bộ ngành liên quan và Chủ tịch Hội đồng quản trị kiểm điểm, xử lý ngay những vi phạm với tập thể lãnh đạo doanh nghiệp (ông Hà Đức Bàng và Mai Đình Hùng, Huỳnh Hồng Vũ, Đỗ Văn Nhân) cùng một số cán bộ có liên quan theo kết quả xác minh đơn tố cáo.
Theo Sài Gòn Giải Phóng, thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng giao Bộ Công an điều tra làm rõ những vi phạm trong việc cho vay và góp vốn xây dựng tòa nhà Trung tâm thông tin và thương mại hàng hải quốc tế Hà Nội; giao Thanh tra Chính phủ kiểm tra hoạt động kinh tế tại Tổng công ty Hàng hải Việt Nam liên quan 2 Công ty Gematrans và Gemadept để kết luận công tác quản lý vốn nhà nước, việc phân chia lợi nhuận và xác minh nghi vấn lãnh đạo tổng công ty (là cổ đông chính) đã chuyển nhiều việc về 2 công ty này để hưởng lợi.