Theo báo cáo sơ kết của CQĐT, Bộ Công an về vụ án lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ xảy ra tại Công ty xuất nhập khẩu và xây dựng nông lâm nghiệp Hà Nội (Công ty XNK&XDNLN HN), hai bị can Nguyễn Tiến Hiện và Nguyễn Công Tụng khai đã chi khá nhiều tiền cho quan chức cho một số lãnh đạo Bộ NN&PTNT, Cục Khuyến nông, Vụ Tài vụ, Ban tổ chức chính quyền Hà Nội… để thực hiện các hợp đồng. Tuy nhiên, đến nay những người bị triệu tập đến để làm rõ lời khai của các bị can đều phủ nhận không cầm tiền.
Trong thời gian từ 1999 đến 2003, tổng số tiền thu nghĩa vụ 6% để ngoài sổ sách của Công ty XNK&XDNLN HN khoảng 7 tỷ đồng. Tại CQĐT, Nguyễn Công Tụng cũng thừa nhận: Trong quá trình cung cấp giống dứa cho Công ty ngũ cốc TP HCM, Nguyễn Công Tụng có ký biên bản thoả thuận nhượng lại cho Công ty ASA do Nguyễn Quốc Kỳ làm Giám đốc được cung cấp 1,8 triệu chồi dứa cho Công ty này. Tại CQĐT, Nguyễn Quốc Kỳ khai số chồi đã cung cấp là gần 1,1 triệu chồi với đơn giá 816 đồng/chồi nhưng được Công ty XNK&XDNLN HN thanh toán 895 triệu đồng và Công ty ASA phải nộp 6% nghĩa vụ trên doanh số cho Công ty XNK&XDNLN HN trị giá gần 54 triệu đồng. Khi thu số tiền này, Đỗ Văn Thành không viết phiếu thu và thủ quỹ Nguyễn Thị Mai không ghi chép vào sổ.
CQĐT cũng đang làm rõ việc Công ty XNK&XDNLN HN nhập khẩu giống chè để bán cho Tổng công ty chè Việt Nam. Theo đó, ngày 12/4/2000, Nguyễn Công Tụng đã ký hợp đồng mua giống chè của ông Liao Chuh Chieh (Đài Loan) với số lượng 1,4 triệu cây chè giống, đơn giá 1,64 NDT/chồi, tổng giá trị hợp đồng là gần 2,3 triệu nhân dân tệ, giao tại cửa khẩu Tân Thanh (Lạng Sơn). Nhưng ông Liao Chuh Chieh lại khai chỉ bán cho Công ty XNK&XDNLN HN với giá 1,1 NDT/chồi. Như vậy, số tiền chênh lệch của hợp đồng này cũng đã lên đến 1,4 tỷ đồng. Nguyễn Công Tụng khai hợp đồng mua bán chè này có việc nâng giá mua là để chi lại cho bên Tổng Công ty chè. Đối với việc thu nghĩa vụ 6% của Công ty XNK&XDNLN HN đối với các xí nghiệp thành viên, các bị can đều khai ban giám đốc ban hành quy chế thu nghĩa vụ đối với các ngành hàng và được thông qua tại các đại hội, cụ thể là giống cây trồng 6%, xây dựng 4%. Hàng năm Giám đốc các xí nghiệp phải ký bản cam kết thực hiện nghĩa vụ % với ông Nguyễn Công Tụng. Toàn bộ việc đối chiếu số liệu và thu nghĩa vụ đều giao cho phòng Kế toán và kế toán trưởng Đỗ Văn Thành chịu trách nhiệm thực hiện.
Đối với công trình xây dựng vườn thực vật do Công ty XNK&XDNLN HN làm chủ đầu tư, khi tổ chức đấu thầu, hai bên đã móc nối để thông thầu cho Xí nghiệp xây dựng công trình giao thông (112 Đặng Tiến Đông, Hà Nội) trúng thầu (xí nghiệp này đang bị CQĐT Bộ Công an khởi tố về tội tham ô trong các công trình xây dựng). Trị giá gói thầu này là 4 tỷ đồng. Theo lời khai của giám đốc xí nghiệp công trình xây dựng giao thông Bùi Xuân Trường và các nhân viên kế toán thì xí nghiệp này đã phải chi 10% (khoảng 400 triệu đồng) cho chủ đầu tư. Khoản tiền này khi chuyển được hợp thức hoá bằng hợp đồng mua bán gỗ cốt pha qua ngân hàng.
Quốc Toản