Theo hồ sơ điều tra, tháng 7/2000, Thuần và Văn đã thỏa thuận với Tăng Bá Trưởng (chủ cơ sở kinh doanh nông sản ở huyện Kim Thành, Hải Dương) tìm nguồn hàng. Thuần và Văn dùng pháp nhân của chi nhánh công ty làm thủ tục xuất khẩu hàng sang Trung Quốc.
Họ cùng nhau lên Lạng Sơn bán số hàng này cho Công ty Đạt Thành, giá trên 33 tỷ đồng. Để hợp thức hóa chứng từ, Trưởng tìm các cơ sở trong nước cung cấp hóa đơn đầu vào cho chi nhánh công ty của Thuần, làm thủ tục xin hoàn thuế giá trị gia tăng và được Cục Thuế Đà Nẵng hoàn thuế trên 1,6 tỷ đồng.
Theo Người Lao Động, cuối tháng 12/2000, Giám đốc bộ phận xuất nhập khẩu I thuộc Chi nhánh Công ty Xuất nhập khẩu tổng hợp I Nguyễn Quang Thuần đến cửa khẩu quốc tế Lao Bảo (Quảng Trị) mở tờ khai hải quan và làm thủ tục xuất khẩu hàng khống, với số tiền trên 260 tỷ đồng. Với phi vụ này, nhóm của Thuần được nhận hơn 14 tỷ đồng hoàn thuế VAT.