Vào các năm 1998-1999, ông Lê Văn Khiên thông qua một người nước ngoài tên Lee, bán hàng cho hai đối tác với tổng số tiền 418 triệu đồng. Mặc dù người mua đã thanh toán đầy đủ tiền từ năm 1999 nhưng đến năm 2002 khoản tiền trên vẫn không được đưa về công ty.
Theo Tuổi Trẻ, ngoài vụ án này, cơ quan điều tra của Tổng cục Cảnh sát (Bộ Công an) cũng đang làm rõ vụ án một số cán bộ của Công ty Da Sài Gòn giai đoạn 1995-2000 cấu kết với tư nhân thông qua các hợp đồng ảo để chiếm đoạt hàng chục tỉ đồng tại đơn vị này.
Trước đó, tại kết luận của Bộ Công nghiệp sau khi thanh tra tại Công ty Da Sài Gòn đã nêu ra hàng loạt sai phạm tại đây, trong đó có ông Chữ Tấn Trung với vai trò là tổng giám đốc Da Sài Gòn đã dùng tiền đầu tư 100.000 USD của công ty để cho vay sai nguyên tắc, trong mười năm chỉ thu hồi được 57.000 USD. Đảng ủy khối cơ sở Bộ Công nghiệp sau đó đã khai trừ Đảng đối với ông Chữ Tấn Trung.
