Theo kế hoạch, ngày 24/9, tuyển futsal Việt Nam lên đường về nước. Do không có đường bay thẳng, đội sẽ đáp chuyến từ Vilnius (Lithuania) tới Frankfurt (Đức), sau đó nối chuyến tới Dubai (UAE). Tại sân bay Dubai, đội tách làm hai nhóm về TP HCM (21 thành viên) và Hà Nội (5 thành viên). Sau khi nhập cảnh Việt Nam, toàn bộ thành viên đội tuyển sẽ thực hiện cách ly tập trung theo quy định của Bộ Y tế.
HLV trưởng Phạm Minh Giang đang cách ly điều trị Covid-19 nên sẽ về nước sau khi có kết quả âm tính. Trợ lý HLV Huỳnh Tấn Quốc được sắp xếp ở lại Lithuania hỗ trợ HLV Minh Giang đến khi khỏi bệnh.
Tối 22/9, HLV Phạm Minh Giang không thể có mặt tại nhà thi đấu Avia Solutions để chỉ đạo tuyển Việt Nam trong trận đấu với Nga ở vòng 1/8 FIFA Futsal World Cup 2021 vì có kết quả xét nghiệm dương tính với nCoV. Trước đó, HLV Minh Giang và các thành viên đội tuyển đều tiêm đủ hai liều vaccine Covid-19. Trưởng đoàn Trần Anh Tú cho biết hiện chưa rõ nguồn lây bệnh cho HLV tuyển futsal Việt Nam. Nhà cầm quân 40 tuổi đang tự cách ly tại khách sạn, tình hình sức khỏe ổn định và không có triệu chứng gì.
Tuyển futsal Việt Nam kết thúc hành trình tại World Cup 2021 sau trận thua 2-3 trước Nga. Dù không thể đi tiếp, thầy trò Phạm Minh Giang vẫn có thể ngẩng cao đầu với những gì thể hiện ở giải năm nay. So với lần vào vòng 1/8 tại World Cup 2016, tuyển futsal Việt Nam đạt thành tích tốt hơn ở vòng bảng (4 điểm so với 3 điểm năm 2016). Việt Nam chỉ chịu thua sát nút á quân thế giới Nga trong khi cách đây 5 năm, đội phải nhận thất bại nặng nề 0-7 trước chính đối thủ này.
Sau trận đấu với Nga, HLV Phạm Minh Giang cảm ơn các cấp lãnh đạo cùng người hâm mộ, đồng thời thông báo về tình hình sức khỏe của bản thân: "Tôi thay mặt đội tuyển futsal Việt Nam gửi lời cảm ơn chân thành đến ban lãnh đạo LĐBĐ Việt Nam, TTHLQG TP HCM đã giúp đỡ và tạo điều kiện tốt nhất cho đội trong quá trình tập huấn và thi đấu. Cảm ơn người hâm mộ futsal nước nhà luôn cổ vũ và đồng hành cùng đội suốt thời gian qua. Hy vọng mọi người yêu mến futsal và tiếp tục tiếp lửa cho đội tuyển trong tương lai. Cảm ơn mọi người đã quan tâm, hiện tôi sức khỏe tốt, không gặp vấn đề gì. Chúc mọi người luôn mạnh khỏe và bình an trong cuộc sống".