Tuy Thanh tra Chính phủ chưa vào cuộc nhưng trường đại học dân lập này đã lộ rõ hàng loạt vụ bê bối sau những mâu thuẫn nội bộ
Năm 2002, khi vừa lên nắm quyền Hiệu trưởng, ông Niên đã ký hợp đồng kinh tế với ông Trần Đình Liêm, Giám đốc Công ty cổ phần Cách Tân, thoả thuận chi cho Công ty này 1,8 tỷ đồng để trường Đông Đô có được quyết định của UBND TP Hà Nội giao cho 2 hecta đất xây trường ở Từ Liêm. Nhưng 4 năm đã trôi qua, vẫn chưa thấy đất đâu mà tiền thì đã chi hơn 1,7 tỷ đồng.
Sự việc này ngày càng gây bất bình cho tập thể CB-GV, bởi ông Niên không công khai với các thành viên HĐQT suốt 4 năm. Đã vậy, đùng một cái, ông Giám đốc công ty Cách Tân lù lù ngồi làm việc trong trường Đông Đô, cạnh phòng ông Hiệu trưởng, rồi nghiễm nhiên sử dụng 1 xe hơi, 1 lái xe của trường. Ngược đời hơn là mỗi tháng trường chi 3 triệu đồng cho nhân viên bảo vệ... đất, mặc cho đất chưa được cấp tấc nào.
Khi những bê bối của trường ĐHDL Đông Đô được Đoàn kiểm tra của Bộ Giáo dục và Đào tạo xác minh, nhiều người mới té ngửa: suốt 4 năm qua kể từ khi ông Niên nhậm chức, trường luôn trốn thuế. Kinh ngạc hơn là ông Niên giải trình đã trích 2,96 tỷ đồng đưa vào tài khoản 333 và số tiền này được Thanh tra Bộ GD-ĐT đồng ý theo giải thích của ông Niên và đưa vào trong Dự thảo TT là "trích để nộp thuế, nhưng do không thấy cơ quan thuế giục, đồng thời còn nghe ngóng các trường dân lập khác cũng chưa thực hiện đủ, vì vậy số tiền trên đang nằm trong tài khoản 333".
Nhưng tài khoản 333 là gì thì các ủy viên HĐQT đều chịu chết, không ai hay biết về tài khoản 333 và nó cũng chưa bao giờ được thể hiện trong báo cáo tài chính hàng năm gửi HĐQT, cũng không công khai trước Hội nghị CB-CNVC. Mà từ năm 2001 trở về trước, trường đều đóng thuế nghiêm chỉnh. Ngoài ra, năm học 1998-1999 khi ông Niên còn làm Chủ nhiệm khoa Luật của trường, ông đã cùng con dâu thu gần 400 triệu đồng tiền học phí của SV nhưng không nộp vào trường mà tự ý đưa về nhà. Lãnh đạo trường lúc đó phát hiện phải đưa ô tô đến nhà ông Niên đòi lại.
Cũng vì có những góp ý thẳng thắn cho những sai phạm của ông Niên mà PGS-TS Hoàng Kim Giao-nguyên là UVHĐQT, Chủ nhiệm khoa QT-KD kiêm phó Chủ tịch Hội đồng khoa học và đào tạo của trường đã không còn được bổ nhiệm làm Chủ nhiệm khoa nữa. PGS-TS-NGƯT Hoàng Ngọc Thái - nguyên UV HĐQT lâm thời cùng ông Niên, đã có những góp ý thành thực với Hiệu trưởng cũng đã bị nghỉ việc và còn nhiều trường hợp khác tương tự tại trường Đông Đô
Bên cạnh việc cho thôi việc nhiều người là việc "tái bổ nhiệm" các thành viên HĐQT, trường hợp ông Vũ Xuân Áng là một ví dụ, ông này đã 75 tuổi, quá tuổi quy định nên đã không được Bộ trưởng Bộ GD-ĐT chấp nhận vào UV HĐQT từ mấy năm trước.
Tiếp theo là việc bổ nhiệm vội vàng cô Tạ Quỳnh Phương vào HĐQT tháng 2/2006 mặc cho tân thành viên này chỉ là một sinh viên mới tốt nghiệp khoa Quan hệ quốc tế của trường mà không có sự bàn bạc với HĐQT. Trong khi loại trừ TS Giao, ông Niên cho bổ nhiệm TS Nguyễn Bích làm chủ nhiệm khoa thay ông Giao, mặc dù ông Bích không có chuyên môn quản trị kinh doanh.
Đông Đô là 1 trong 3 trường ĐHDL ra đời đầu tiên ở Việt Nam (năm 1994). Do các GS-TS sáng lập ra trường lựa chọn đào tạo những khoa, ngành tương đối phù hợp với nhu cầu, nên bắt đầu từ chính những đồng vốn của các thành viên sáng lập, Trường đã nhanh chóng phát triển. Năm 2002, HĐQT tiền nhiệm bàn giao lại cho ông Nguyễn Niên khi nhậm chức Hiệu trưởng, thì tài sản của Trường có trên 40 tỷ đồng tiền mặt và trên 10 tỷ đồng tài sản cố định, đây quả là một tài sản không nhỏ.
Bức xúc với tình hình trên, tập thể cán bộ giáo viên của trường đã viết nhiều đơn kiến nghị gửi tới nhiều cơ quan chức năng đề nghị thanh tra. Tháng 10/2005, Đoàn kiểm tra của Bộ GD-ĐT xác minh đơn thư tố cáo nhưng đều không làm rõ được vấn đề mà các cán bộ giao viên của trường tố cáo.
Ngoài những sai phạm nghiêm trọng như đã nêu, ông Nguyễn Niên còn bị tố cáo là khai man lý lịch.
Khánh Ngọc