Xí nghiệp Xây dựng số 2 là đơn vị thuộc Công ty Cổ phần và đầu tư xây dựng công nghiệp số 1, Tổng công ty Xây dựng công nghiệp Việt Nam.
Ngày 30/7/2004, công ty gửi đơn tới Phòng cảnh sát kinh tế Công an Hà Nội tố giác Tạo chiếm đoạt hơn 5 tỷ đồng, khi tổ chức thi công 2 dự án tại Thanh Hóa (nhà học đặc thù - thư viện và nhà ở ký túc xá 4 tầng tại trường Trung học Sư phạm 12+2 Thanh Hóa) và 4 dự án tại Hà Tĩnh (nhà làm việc kiêm nhà khách Ban quản lý khu công nghiệp cảng biển Vũng Áng, trường trung học phổ thông Phúc Trạch, trường PTTH Vũ Quang, trụ sở làm việc thường trực Tỉnh ủy và Văn phòng cấp ủy). Theo đó, thủ đoạn của Phạm Đức Tạo là đề nghị công ty tạm ứng tiền với lý do thanh toán chi phí vật tư, nhân công... Nhưng Tạo sau đó không trả công ty tiền hoặc có nhận song không tổ chức thi công mà sử dụng cá nhân.
Cơ quan điều tra xác minh Phạm Đức Tạo có sai phạm nêu trên. Nhưng sau khi trừ đi một số chi phí hợp lý, số tiền tham ô được rút xuống còn gần 3,2 tỷ đồng. VKSND Hà Nội đồng tình với quan điểm này.
Theo VnExpress, qua thẩm vấn tại TAND Hà Nội, HĐXX thấy trong gần 3,2 tỷ đồng có khoảng 2 tỷ đồng đã được thanh toán trả công ty dưới nhiều hình thức. Vì lẽ đó, tòa kết luận Tạo chỉ phải chịu trách nhiệm hình sự về hành vi tham ô gần 1,3 tỷ đồng. Mức án dành cho bị cáo là 20 năm tù.
Trong quá trình điều tra, Phạm Đức Tạo khai lấy hơn 2,3 tỷ đồng trong khoản tạm ứng của công ty để hối lộ một số cán bộ có trách nhiệm của bên A tại tỉnh Thanh Hoá và Hà Tĩnh. Tuy nhiên, những nhân vật này đã phủ nhận; đồng thời cơ quan chức năng xác định lời khai của Tạo không có cơ sở.