Trong văn bản gửi ban tổ chức, Ủy ban Olympic Indonesia khẳng định trong số các môn bóng đá tại SEA Games 31, họ chỉ tham dự môn bóng đá nam và futsal nam. Indonesia không cử đội tham dự môn bóng đá nữ và futsal nữ như dự kiến.
Như vậy, môn bóng đá nữ SEA Games 31 còn lại 7 đội gồm Việt Nam, Philippines, Campuchia, Thái Lan Myanmar, Lào và Singapore. Môn futsal nữ còn lại 4 đội gồm Việt Nam, Thái Lan, Malaysia và Myanmar.
Theo kết quả bốc thăm hôm 6/4, tuyển nữ Việt Nam ở bảng A với Philippines, Campuchia và Indonesia. Đoàn quân của HLV Mai Đức Chung gặp Indonesia trong trận mở màn ngày 9/5 sau đó lần lượt đối đầu Philippines (11/5) và Campuchia (14/5). Trong khi đó, đội tuyển futsal nữ Việt Nam sẽ chạm trán các đối thủ Malaysia (10/5), Indonesia (13/5), Myanmar (17/5) và Thái Lan (19/5).
Với việc Indonesia không tham dự, ban tổ chức SEA Games 31 phải điều chỉnh lại lịch thi đấu của hai môn này để ban hành trong thời gian tới.
Theo sắp xếp của ban tổ chức, toàn bộ các trận đấu của môn bóng đá nữ được tổ chức tại SVĐ Cẩm Phả (Quảng Ninh). Trong khi đó hai môn futsal nam và nữ thi đấu ở Hà Nam.