Theo thông tin ban đầu của Người Lao Động, người bị bắt giữ tại Hà Nội là tiến sĩ Chu Chất Chính, Trưởng Ban Quản lý dự án công nghệ công trình biển thuộc Viện Dầu khí, người được xem là “tổng công trình sư” thiết kế đường ống, kho, cảng Thị Vải.
Tháng 10/1998, ông Chính với cương vị Phó viện trưởng Viện Xây dựng công trình biển (ICOFFSHORE), Đại học Xây dựng Hà Nội, đã thay mặt ICOFFSHORE ký hợp đồng thiết kế chi tiết với Công ty Tư vấn Đầu tư xây dựng dầu khí (PVICCC) về một số hạng mục, như: móng của các gối đỡ ống, móng máy phát điện, máy nén khí trong kho cảng Thị Vải... Tổng giá trị hợp đồng thiết kế chi tiết này 157 triệu đồng. Ông Chính đã lấy dấu tư cách pháp nhân của viện Xây dựng đóng vào hồ sơ mà không chuyển tiền thiết kế về viện để tham ô.
Sau khi công trình được xây dựng theo thiết kế lại dẫn đến lún, sụt nhưng nghiêm trọng nhất là việc lún các gối đỡ trong công trình kho cảng Thị Vải. Tháng 11/2002, ông Chính lúc này nhận chức mới là trưởng Ban Công nghệ Công trình biển thuộc Viện Dầu khí đã có văn bản giải trình cho Tổng công ty Dầu khí Việt Nam và Thanh tra Nhà nước. Theo đó, “ngay từ lần giao hồ sơ đầu tiên, ICOFFSHORE đã đề nghị dùng móng cọc cho tất cả các gối đỡ ống công nghệ. Lý do chọn móng cọc là vì tầng đất yếu rất dày...”. Tuy nhiên, PVICCC vẫn bảo lưu ý kiến và yêu cầu thiết kế lại, bỏ móng cọc, dùng móng nông... nên ICOFFSHORE phải thực hiện thiết kế theo hướng này. Trên cơ sở thực hiện thiết kế này, công trình đã gặp những sự cố lún, sụt dẫn đến tổng số tiền khắc phục ban đầu hơn 12,8 tỷ đồng.
Cùng ngày 9/11, Cơ quan An ninh Điều tra cũng bắt giữ Nguyễn Văn Thanh (xã viên HTX Quyết Thắng, Long An) và Bùi Đức Bảo (cửa hàng trưởng cửa hàng Bích Câu thuộc Công ty Thiết bị vật tư Du lịch, Tổng công ty Du lịch). Hai đối tượng được xem là những “nhà thầu phụ” tham gia san lấp mặt bằng công trình Thị Vải. Trong đó, Bảo là chủ một số sà lan đổ đất cho công trình. Theo xác minh ban đầu của Thanh tra Nhà nước, ông Bảo đã nhận 418 triệu đồng tiền mặt nhưng không nộp vào quỹ chi nhánh công ty ở TP HCM cũng như quỹ công ty tại Hà Nội. Ông Bảo cũng không giải trình được một số khoản tiền chi tiêu không đúng với chế độ thu chi tài chính nhà nước. Nguyễn Văn Thanh đã có hành vi giả mạo giấy tờ tài liệu của cơ quan, tổ chức nhà nước để trốn thuế.
Việc bắt giữ hai đối tượng trên có thể liên quan sai phạm của ông Nguyễn Văn Tương (Giám đốc Xí nghiệp Xây dựng số 2 thuộc Công ty Xây dựng dầu khí, Bộ Xây dựng). Theo kết luận sơ bộ của cơ quan hữu trách, xí nghiệp do ông Tương làm giám đốc dù được chỉ định thi công san lấp 2,8 ha đất nền cho kho cảng Thị Vải, nhưng đơn vị này đã không thực hiện mà “chuyển nhượng” lại cho các “nhà thầu phụ” để hưởng chênh lệch.